Madrasah Ibtidaiyah Negeri 16 Banjar awalnya adalah madrasah swasta yang bernama MIS Nurul Islam didirikan pada tahun 1974 kemudian, madrasah ini dinegerikan pada Tahun 1997 berdasarkan SK Menteri Agama, No : 107 Tgl. 17 Maret 1997 dengan luas lahan 1. 616 m2 , luas bangunan keseluruhan 685 m2 dengan nama MIN Sungai Sipai dan sekarang bernama MIN 16 Banjar